木托盘的性能和特点均来自木材本身，木材是决定木托盘应用及价格的决定因素。
杨木：属阔叶树种，材质松而软，耐用性差，适用于制造承重不高的托盘
松木：属针叶树种，种类较多，实用性广。落叶松、黄花松、白松、红松纹理粗实，木质硬，色白，外观美丽，多用于制造精细包装物，但价格较高。
其问题主要存在于卫生、洁净度、生产稳定性等方面。木材易受潮、发霉、虫蛀、无法清洗。此外，其表面木屑脱落及螺钉锈蚀的问题也无法克服。
由于木材是天然材料，其质量受气候等多方面的影响。即使是同一批原料，在干湿度、风裂等方面的情况也难达到一致。
木质托盘使用寿命较短，常规使用周转次数在200-300次。
同样由于卫生原因（主要是天牛虫的侵害），自1998年美国及欧盟国家对中国出口用木质托盘相继发出禁令，木托盘需经过熏蒸处理方可出口，熏蒸所需时间和费用均较大（一般为48小时，费用为成本的20%左右），且熏蒸所用药物又为有害制剂。此外，出口使用后的托盘需由承运商负责运走或销毁。这极大影响了一次性木质托盘的使用。