木托盘在使用中会存在一些问题：
    运用的方法会落后，不能彻底发挥木托盘的优点。
    木托盘是为合作物流的一种物流工具，木托盘就是贯穿现代物流以及各个环节之间的链接点，但是在实际的运用过程中由于规范不一样，就会形成托盘不能在物流工作中很好的运用，就会产生局限性。
    受到木托盘用法的制约，流转进程的本钱过高，很多企业的木托盘都是在企业内部进行周转的，然后将企业的产物进行人工转移装卸，这样会很大程度的降低工作效率，增加流转的本钱，也降低了竞争力。
    木托盘使用规范不一致。导致我国的木托盘运用不能和国际上运用的通用的集装箱相匹配。企业为了嫩该习惯关联的国际运送工作，就向木托盘企业定制规范不一致的木托盘，这样可以就爱那个第企业的本钱。